En Copa, fue eliminado de forma inesperada ante el Tenerife, después de que los insulares fueran capaces de imponerse en la vuelta por 4-0 tras perder 3-0 en la ida en El Arcángel. No obstante, el ansiado ascenso a Segunda División llegó de forma casi inesperada. No obstante, después de un mercado de fichajes en el que piezas importantes del equipo salieron, comenzó la temporada 2016-17. En esta, a pesar de un comienzo muy prometedor, en el que llegó a encadenar 10 partidos con solo una derrota, el equipo empezó en una dinámica negativa, la cual provocaría la destitución de Oltra por Luis Carrión, técnico del filial. Sin embargo, en una temporada en la que el Córdoba fue incapaz de sumar un triunfo a domicilio, finalizó 15.º. En Copa eliminó al Xerez y al Calvo Sotelo, para terminar sucumbiendo ante el Celta. Tras la histórica salvación, la afición confiaba en que se hiciera una gran campaña 2018-19. Sin embargo, la situación del club había quedado fuertemente hipotecada en cuanto a lo económico por los fichajes realizados en el mes de enero.
Pasó de cobrar 400 pesetas al mes en España a cobrar 75.000 por la ficha de todo el año. Este mismo jugador eliminaría a España con un gol de falta directa en el primer tiempo de la prórroga. En los Octavos de final compitió contra su similar de Polonia y gana con un claro y contundente 4:0. En los cuartos de final le tocaba enfrentarse con la siempre peligrosa Francia, partido que acabaría empatado 1:1 en el tiempo regular solo por la mala fortuna de Brasil ya que Zico erró un tiro de penalti, motivo por el cual el marcador no se movió en el tiempo reglamentario y perdurando hasta el final del tiempo de alargue. En la temporada 2012-13, tras la salida de Paco Jémez al Rayo Vallecano, se designó como entrenador a Rafa Berges, hasta entonces técnico del filial. La temporada 2017-18 es una de las mejor recordadas. Anualmente se hacen 20 000 pruebas antidopaje a futbolistas de todo el mundo, de las cuales entre 80 y 90 dan positivas, mayoritariamente por el uso de cocaína o cannabis. 10 000 abonados. Los dos primeros años tras el retorno fueron bastante positivos, logrando en la 1999-2000 una holgada salvación (12.º), y en la 2000-01 incluso llegando a ocupar el liderato de la categoría durante varias jornadas.
De cara a la 1975-76, la plantilla estaba hecha una vez más para ocupar puestos altos, y lo cierto es que el ambiente invitaba a soñar con ello, teniendo en cuenta que casi se llegaron a los 10 000 abonados. El éxito supuso un avance en el desarrollo de la selección, y desde entonces son tenidos en cuenta a la hora de clasificarse para los grandes eventos futbolísticos. En cambio logró la victoria en la jornada 40, con un solitario gol de Álex Martínez, frente al Reus Deportiu y venció en el último partido de la temporada al Cádiz Club de Fútbol, que sirvió para que Darwin Machís, el mejor jugador del Granada a lo largo de la temporada, marcara otros dos goles, para dejar su cuenta personal de la temporada en 14 goles, y para despedirse de una afición que lo tenía como ídolo. Durante la temporada, Vavá acabó siendo despedido por los resultados y su lugar lo ocupó Joseíto. El último encuentro del Córdoba en la élite fue ante el Granada, un 14 de mayo de 1972. en el que perdieron por 1-0. En el banquillo se sentó el brasileño Vavá y en el palco siguió Rafael Campanero por aclamación popular, después de sopesar su renuncia.
Los cuartos ante el Pontevedra exigió un encuentro de desempate en Madrid, después de sendos 1-1. Así, el 18 de junio de 1967 el Córdoba disputó por primera y última vez en su historia unas semifinales de Copa. Córdoba. Sin embargo, antes de que comenzara el campeonato de la siguiente temporada, los míticos Simonet y Juanín anunciaron su marcha de la entidad, lo cual significaba la salida de los dos últimos jugadores que habían protagonizado la mejor época de la historia del club. Como aspecto positivo, en esta misma temporada, el Córdoba C. F. «B» consiguió el ascenso a Segunda División B después de que quedase un plaza vacante por la disolución del primitivo Xerez C. D.. Tras una primera vuelta irregular, el equipo no logra adaptarse a la zona alta de la tabla, lo que obliga a la entidad a renovar gran parte de la plantilla, lo que mejoró el rendimiento, aunque sería demasiado tarde, ya que el Juventud de Torremolinos lograría quedar en primera posición, consiguiendo un histórico ascenso a la Segunda Federación. El objetivo sí se alcanzaría en la siguiente campaña 2006-07, en la que acabó 4.º. En la fase de ascenso se enfrentó al gran favorito, el Pontevedra.
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